상담전공 박사과정 학생은 대학원 공통과목을 포함하여 총 36학점 이상을 취득하여야 하며, 1학기 동안의 상담수퍼비젼 실습(총 60시간)과 박사학위 논문을 영문으로 작성해야 한다. 총 6학기로 구성되어 있으며 마지막 2학기동안은 영문으로 논문작성만을 하기 때문에 등록금은 내지 않아도 된다. 박사과정 졸업을 위해서는 논문계획서 제출에 앞서 학술진흥재단 등재후보지 이상의 국내학술지에 3건 이상의 논문실적과 SSCI 등재급 국제학술지에 2건 이상의 논문실적이 있어야 한다. 단, 국제학술지 논문실적은 청소년상담사 1급/상담심리전문가/상담수련감독전문가 자격증으로 대치할 수 있다.

상담이론 과목은 다음의 과목으로 구성되어 있다(교육학과, 심리학과, 아동학과에서 수강가능). 
- 고급상담이론 
- 상담수퍼비젼 이론
- 아동 및 청소년상담
- 학교상담 세미나
- 집단상담의 이론과 실제
- 고급교육심리세미나
- 진로상담 및 발달
- 고급심리측정이론
- 가족상담

상담실습 과목은 다음의 과목으로 구성되어 있다(교육학과, 심리학과, 아동학과에서 수강가능).
- 교육현장실습
- 학교상담실습
- 상담수퍼비젼 실제

연구법 과목은 다음의 과목으로 구성되어 있다(교육학과에서 수강가능).
- 상담연구방법론
- 고급질적연구방법론
- 구조방정식 모형(SEM)
- 검사제작 및 분석방법론
- 위계적 선형 모형(HLM)

박사과정생의 경우, 논문계획서 제출에 앞서 한국연구재단 등재후보지 이상의 학술지에 1편 이상(100%)의 논문실적이 있어야 한다. 박사과정 4학기가 지난 후에 논문계획서를 공개적으로 발표해야 하며, 논문계획서 발표 후에 1년 내에 자료수집 및 분석, 논문 작성을 마쳐야 한다. 논문심사는 총 5명의 심사위원으로 구성된 위원들에 의해 3차례의 심의를 거쳐 수행된다.